關於益生菌何時吃最重要的建議是：選擇一個您可以堅持吃益生菌的習慣時間，如果您想要獲得益生菌帶來的健康好處，「一致性」是吃得有感的關鍵。
營養師推薦何吃益生菌：在飯前或睡前約 30 分鐘吃益生菌是最能發揮益生菌功效的，一般建議在早餐前食用會最有感。如果您在進食前吃益生菌，您的消化系統PH值會約莫在4~7之間，這將使益生菌能夠順利的進入消化道定居及存活。

無論益生菌什麼時候吃，首先您需要先確保益生菌中使用的菌株是否有經過活性測試，以確保您吃的益生菌能夠在您消化系統的各種條件下保持活性機能！
關於益生菌怎麼吃的建議是：若想將益生菌功效最大化，將益生菌與特定食物一起吃將會優化其效果。根據一項國際微生物專家的研究顯示：當益生菌與燕麥或牛奶一起吃時，會比只有搭配水或果汁吃的存活率有所提高。這是因為優質的脂肪及膳食纖維都是能滋養益生菌的益生元(也就是益生菌的食物)，可以幫助好菌在消化道中健康成長。

標榜無添加的益生菌並不一定是最佳選擇，即是無添加、若沒有提供好菌共生的環境反而是事半功倍，擁有益生元+益生菌+酵素的完整配方，才是維持好菌生態圈及健康機能的關鍵，這些成分將通過提供友善好菌的糧食和繁衍環境來幫助好菌的生長，進而幫助健康及消化機能。

由於不同的益生菌劑量建議可能會有很大差異，因此請務必遵循您正在吃的益生菌食用說明，並且持續堅持讓吃益生菌成為您日常生活的一部分，內在系統的好菌水平是需要一些時間才能建立起來，益生菌功效是無法立竿見影的。

大部分的益生菌株都是需要確保妥善冷藏的，除了芽孢桿菌屬的菌株較能適應更惡劣的環境因素、並且被認為是更穩定的菌株。
因此為了讓益生菌功效保持在最佳狀態，它們必須從生產那一刻起就按照建議妥善保持活性直到您食用為止。

根據諸多權威研究指出：菌株的質量比數量更重要。
作為當代的消費者，我們經常被誤導東西越多就越神奇！但益生菌不一定如此，一般來說，選擇每包至少含有100 億活菌的益生菌即可，最重要的是，應確認益生菌是否有活性實驗證明。

我們消化系統非常聰明。您吃的食物越多，它分泌的消化酶和酸就越多，食物通過的時間就會越久，因此在大餐前後馬上吃益生菌就代表它必須忍受強酸更長的時間才能進入重點區域，因此建議在進食前後間隔的30～100分鐘後再吃益生菌。

標榜無甜份的益生菌推薦不一定是首選，重點在於：甜份是來自於「益生元」還是「精製糖」。
同時攝取均衡的「益生菌」與「益生元」有助於確保這些好菌保持適當的平衡，如：木寡糖、果寡糖都是一種「益生元」，益生菌是在某些食物或補充劑中發現的有益細菌。益生元則是一種食物纖維，可以餵養消化系統中的益生菌。

吃益生菌搭配的水溫不宜過高，以免影響益生菌的活性和菌數，水溫超過60度就會造成一般的菌株不易生存。建議吃益生菌時搭配35~40度之間的溫開水，最好接近體溫。

無論您何時吃或怎麼吃益生菌，都建議先瞭解益生菌補充品的健康目標與用途、以及有關其使用的科學證據，一般益生菌的認證分為三種：益生菌株本身獲得的認證、製造生產的認證、益生菌產品的品質認證。
在這當中，菌株本身的認證會是最大的重點，因為這關乎於「菌株」本身是否有先獲得認證再被製造成產品，一般會建議優先選擇「菌株本身具有國家級認證」的產品。